El Convento de San Juan Bautista o de Santa Clara fue fundado en 1547, merced a una donaciуn de 2000 doblos de oros que para este fin dejу en su testamento Alonso de Lugo, hijo del conquistador Bartolomй Benнtez.

La primera casa de las monjas Claras fue el Convento de San Miguel de las Victorias, cedido temporalmente por los franciscanos. A йl llegaron las diez religiosas fundadoras en febrero de aquel aсo procedentes de Sanlъcar de Barrameda y de Baeza. 

En 1575 comenzу a construirse el edificio definitivo, gracias a la donaciуn de las casas de doсa Olalla Fonte del Castillo, que aportу ademбs los fondos necesarios para йl. Las obras se concluyeron rбpido y sуlo tres aсos mбs tarde se trasladу la congregaciуn. Durante el siglo XVII el convento creciу en rentas y en nъmero de profesas, llegando a contar con ciento cincuenta a mediados de siglo. 

En 1697 un incendio destruyу casi todo el inmueble. Su reconstrucciуn comenzу inmediatamente y el edificio resultante es el que en lнneas generales se puede apreciar actualmente. 

Al ser un convento de clausura, su aspecto exterior es de altos muros de mamposterнa sin apenas huecos importantes ni elementos arquitectуnicos destacables. 

Sin embargo, esta impresiуn cambia si observamos el edificio desde la calle Ernesto Ascanio y Leуn Huerta, conocida popularmente como callejуn de las Claras, donde encontramos los dos ъnicos elementos artнsticos de gran valor arquitectуnico. El primero es el tнpico ajimez o mirador construido en 1717 que, al estar situado en la esquina con la calle Viana, rбpidamente se convierte en un punto de referencia visual. El segundo es la fachada de la iglesia, que ocupa todo el callejуn, con sus ventanas con rejas y las dos portadas de canterнa roja. 

La iglesia es de una sola nave, y en ella destaca el magnнfico artesonado mudйjar con un relieve de talla dorada en su centro que representa a San Francisco y Santa Clara.